महाराष्ट्रातील गाजलेल्या घोटाळ्यांपैकी एक अशा सिंचन घोटाळ्यात तत्कालीन जलसंपदा मंत्री आणि सध्याचे राज्याचे उपमुख्यमंत्री अजित पवार यांचे नाव समोर आले. 1999 ते 2009 या काळात बंधारे आणि सिंचन प्रकल्पांच्या बांधकामात गैरव्यवहार झाल्याचा आरोप झाला. सिंचनावर 70,000 कोटी रुपये खर्च झाले, पण सिंचन क्षेत्रात केवळ 0.1 टक्क्यांची सुधारणा झाली असं निरीक्षण सरकारच्याच आर्थिक पाहणी अहवालात होतं. हे प्रकरण उघडकीस आल्याने अजित पवार चांगलेच अडचणीत आले आणि त्यांना त्यावेळी उपमुख्यमंत्रीपदाचा राजीनामा द्यावा लागला होता.
सिंचन प्रकल्पांच्या कंत्राट वाटपात तसंच त्यांच्या पूर्ततेमध्ये अनियमतता आढळली अशी नोंद कॅगने आपल्या अहवालात केली होती. 2001 ते 2011-12 या काळात कॅगने जलविभागाचे सात ऑडिट केले. त्यात दीर्घकालीन नियोजनाचा अभाव, प्रकल्पांचा प्राधान्यक्रम ठरवण्यात अनिश्चितता, प्रकल्प पूर्ण करण्यास लागलेला वेळ, वन विभागाची परवानगी न घेता काही ठिकाणी प्रकल्प सुरू करणं याबाबतीत नियमांची पायमल्ली झाल्याचं निरीक्षण कॅगनं मांडलं होतं.
अनेक प्रकल्पांसाठी नियोजित केलेल्या किमतींमध्ये अनेक पटींनी वाढ झाल्याचं कॅगनं म्हटलं. 601 प्रकल्पांपैकी 363 प्रकल्पांची नियोजित रक्कम वाढून 47,427 कोटी रुपयांवर गेल्याचं कॅगने म्हटलं.
जेव्हा कॅगने सिंचन प्रकल्पांमध्ये अनियमितता आहे असं म्हटलं तेव्हा अजित पवार हे जलसंपदा मंत्री होते. त्यामुळे या नियमितता आणि गैरव्यवहाराची जबाबदारी अजित पवारांची आहे असे तत्कालीन विरोधी पक्षांनी म्हटलं होतं. अजित पवार आणि त्यानंतरचे जलसंपदा मंत्री सुनील तटकरे यांनी विभागातील अधिकाऱ्यांना हाताशी धरुन संगनमत करुन, प्रकल्पांची किंमत वाढविली आणि त्याचा ठेकेदारांना फायदा झाला, असा आरोप देवेंद्र फडणवीस यांनी केला होता
२०१२ साली तत्कालीन मुख्य अभियंता विजय पांढरे यांनी सिंचन गैरव्यवहाराचा अहवाल मुख्यमंत्र्यांसमोर सादर केला होता. त्यानंतर अजित पवार यांना उपमुख्यमंत्रीपदाचा राजीनामा द्यावा लागला आणि तत्कालीन मुख्यमंत्री पृथ्वीराज चव्हाण यांनी क्लीन चीट दिल्यावर ते पुन्हा मंत्रीमंडळात आले. 2012मध्ये आघाडी सरकारनं श्वेतपत्रिका काढली होती त्यात अजित पवारांना क्लिन चीट देण्यात आली होती.
2014मध्ये भारतीय जनता पक्षाचं सरकार आल्यानंतर सिंचन घोटाळ्याची चौकशी लाचलुचपत प्रतिबंध खात्यातर्फे (ACB) करण्याचे आदेश देण्यात आले होते. मात्र, तत्कालीन मुख्यमंत्री देवेंद्र फडणवीस यांचे सरकार असतानाच जलसंपदा विभागाने अजित पवार यांना 'क्लीन चिट' देणारा अहवाल एसीबीला पाठवला होता. तर लाचलुचपत प्रतिबंधक खात्याच्या पोलिस अधीक्षक रश्मी नांदेडकर यांनी मुंबई हायकोर्टाच्या नागपूर खंडपीठात शपथपत्र दाखल करुन याप्रकरणात अजित पवार यांच्याविरुद्ध कोणतीही फौजदारी कारवाई करता येणार नसल्याचं नमूद केलं आहे.
